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实验技术交流

real time pcr引物设计原则

文字:[大][中][小] 手机页面二维码 2019/5/15     浏览次数:    

荧光定量pcr(real time pcr)引物设计目的是让目的基因按照理论值进行扩增,对非特异性反应和引物二聚体要求严格。


real time pcr引物设计原则:

扩增片段大小

80-150 bp(尽量限制在300 bp以内)


primer长度

17-25 base


gc含量

40-60%(最好45-55%) 


★★★tm值

两条引物的tm值尽量接近,应用专用软件计算tm值


序列

整体上碱基不能过偏

个别部分避免gc rich或at rich(特别是3’ 端)

避免t/c连续,a/g连续


3’末端序列

3’末端避免gc rich或at rich

3’末端碱基最好为g或c

3’末端碱基尽量避免为t


互补性

引物内部或两条引物之间避免3 base以上的互补序列

引物3’末端避免2 base以上的互补序列


特异性

使用blast检索,确认引物特异性


★★★rt-pcr用引物
尽量在exon junction上设计引物,限制基因组dna扩增

注:表示重要程度,越多表示越重要,设计时要优先考虑;此外,知恩生物还可以为您提供专业的荧光定量pcr(real time pcr)技术服务

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